השלבים של טיפול שורש הם הבאים:
שלב 1. השן נפתחת ומוציאים חיידקים או זיהום בתוך השן ושורשיה.
שלב 2. לאחר שהוא נקי, מתבצע איטום קפדני.
שלב 3. נמלא את השן ושורשיה בחומר מיוחד.